Die Fraunhofer-Gesellschaft (FhG) hatte sich in der Vergangenheit nur in geringem Umfang mit Kernenergie und fossiler Energiekonversion beschäftigt. Schwerpunkte im Energiebereich waren und sind erneuerbare Energien (Solar, Wind, Biomasse), Energieeffizienztechnologien, energieeffiziente Gebäude und Gebäudekomponenten, intelligente Elektrizitätsnetze, Energiespeicherung und Elektromobilität. Es gibt in der FhG eine Energie-Allianz, in der 18 der insgesamt 60 deutschen Fraunhofer-Institute zusammenarbeiten. Die FhG sieht nach der Energiewende keine Notwendigkeit, ihre FuE-Schwerpunktsetzung grundsätzlich zu verändern, weil ihre Portfolioplanung bereits darauf ausgerichtet ist, ihre Stärken in den oben genannten Bereichen noch weiter auszubauen und zu ergänzen. (S. 28f.)
Schwerpunkte der Helmholtz-Gemeinschaft (HGF) sind erneuerbare Energien, rationelle Energieumwandlung, Kernfusion, nukleare Sicherheitsforschung und der Bereich „Technologie, Innovationen, Gesellschaft“. Ausgelöst durch den Beschluss zur Energiewende wurden innerhalb der HGF mehrere strategisch angelegte „Helmholtz-Energieaktivitäten“ initiiert. Einige dieser Aktivitäten haben das Potenzial, schon kurzfristig Wirkung zu zeigen. Die HGF plant des Weiteren in der Förderperiode 2015-2019, neben forcierten Anstrengungen im Bereich der erneuerbaren Energien und Effizienztechnologien insbesondere die Felder Energiespeichertechnologien, Netzaspekte und Systemlösungen voranzutreiben. In der laufenden Förderperiode (2010-2014) werden 42 Prozent bzw. 562 Millionen Euro der von der HGF aus der Grundfinanzierung im Energiebereich eingesetzten finanziellen Ressourcen im Bereich Kernfusion verausgabt.
Die Max-Planck-Gesellschaft (MPG) hat die Forschung für eine nachhaltige Energieversorgung schon seit Langem als strategisch wichtiges Arbeitsfeld erkannt. Der Umsetzungshorizont der Forschung der MPG liegt normalerweise in der Größenordnung von Jahrzehnten oder darüber hinaus. Deshalb beeinflusst der beschleunigte Ausstieg aus der Kernenergie in Deutschland die langfristigen Ziele der MPG nicht. Die Forschung der MPG im Bereich zukünftige Energieversorgung konzentriert sich auf die Felder Kernfusion (in enger Kooperation mit der HGF50) und chemische Energiekonversion. Im letztgenannten Bereich entsteht derzeit ein MPG-Institut zur Grundlagenforschung der (bio-)chemischen Energieforschung.
Einrichtungen der Leibniz-Gemeinschaft (WGL) beschäftigen sich insbesondere mit energierelevanter Material- und Technologieforschung. Darüber hinaus werden wirtschaftliche, gesellschaftliche, ökologische und umweltpolitische Themen in Bezug auf heutige und zukünftige Energieversorgungssysteme untersucht. Um diese Forschungen weiter zu konsolidieren, hat die WGL erste Schritte zur Gründung eines Forschungsverbundes zu Energiefragen unternommen.